Convertir películas para ipad

Hola, me acaban de regalar un Ipad y ando bastante despistado . Estoy convirtiendo películas procedentes de MKV con distintos programas (Kigo y Handbrake), cuando las paso al Ipad las películas me la reproducen pero estrechando bastante la pantalla. ¿Qué formato utilizáis y que programa usáis para convertir?

Un saludo y gracias

Yo utilizo Videora Ipad,y me va muy bien.

http://www.videora.com/en-us/Converter/iPad/

Muchas gracias, lo he descargado pero todavía no lo he utilizado. A ver si luego lo pruebo